Fernández liegt im nördlichen Teil von Argentinien in der Provinz Santiago del Estero an der Fernstraße 34 (Ruta 34) im sogenannten Gran Chaco. Die Fundación befindet sich außerhalb der Stadt (ca. 20 Gehminuten bis ins Zentrum). Im Sommer – von Dezember bis Februar – können die Temperaturen gut die 45-Grad-Marke erreichen; hingegen können die Winter sehr frisch sein bei wenigen Frösten, und es regnet kaum (Festlandklima).